索引结构概述：
MyISAM索引文件和数据文件是分离的，索引文件仅保存数据记录的地址。这与Oracle的索引结构相似，比较好理解。那么，常用的Innodb聚集索引结构是怎样的呢？
InnoDB的数据文件本身（.ibd文件）就是索引文件。在InnoDB中，表数据文件本身就是按B+Tree组织的一个索引结构，这棵树的叶节点data域保存了完整的数据记录。这个索引的key是数据表的主键，因此InnoDB表数据文件本身就是主索引。
上图是InnoDB主索引（同时也是数据文件）的示意图，可以看到叶节点包含了完整的数据记录。这种索引叫做聚集索引。因为InnoDB的数据文件本身要按主键聚集，所以InnoDB要求表必须有主键（MyISAM可以没有），如果没有显式指定，则MySQL系统会自动选择一个可以唯一标识数据记录的列作为主键，如果不存在这种列，则MySQL自动为InnoDB表生成一个隐含字段作为主键，这个字段长度为6个字节，类型为长整形。
索引数据结构：
可能上面的描述还不够直观，我又翻阅了《MySQL技术内幕：Innodb存储引擎》一书，在其第172页找到了如下图片。
从磁盘读取：
可以看出，聚集索引非叶子节点中，Pointer（索引键值）指向的是ibd文件的Page Offset（File Header中的FIL_PAGE_OFFSET），这样就定位到数据块在ibd文件中的偏移量了。
接下来，首先确定该块是否在Innodb buffer pool中，我在这里仅分析不在Innodb buffer pool的情况：
每个page的头部，有Fil Header,从Fil Header中的FIL_PAGE_SPACE可以知道space id，然后通过一系列的函数调用，找到数据块，将它读入Innodb buffer pool，然后通过Page Directory（页目录）进行二分查找，来定位到行记录，这个过程中需要使用Record Header中的next_record。
函数调用过程：
本案例（基于MySQL5.7.12）中重点的函数调用过程如下图：
mysqld.exe!SyncFileIO::execute(const IORequest & request) 行 4000 //之后，会通过SyncFileIO::execute去调用操作系统的ReadFile SYSTEM CALL，真正地从文件系统中读取数据块
mysqld.exe!os_file_io(const IORequest & in_type, void * file, void * buf, unsigned __int64 n, unsigned __int64 offset, dberr_t * err) 行 5388
mysqld.exe!os_file_pread(IORequest & type, void * file, void * buf, unsigned __int64 n, unsigned __int64 offset, dberr_t * err) 行 5566
mysqld.exe!os_file_read_page(IORequest & type, void * file, void * buf, unsigned __int64 offset, unsigned __int64 n, unsigned __int64 * o, bool exit_on_err) 行 5605
mysqld.exe!os_file_read_func(IORequest & type, void * file, void * buf, unsigned __int64 offset, unsigned __int64 n) 行 5999
mysqld.exe!fil_node_open_file(fil_node_t * node) 行 760
mysqld.exe!fil_node_prepare_for_io(fil_node_t * node, fil_system_t * system, fil_space_t * space) 行 5305
mysqld.exe!fil_space_get_space(unsigned __int64 id) 行 1497
mysqld.exe!fil_space_get_flags(unsigned __int64 id) 行 1587
mysqld.exe!fil_space_get_page_size(unsigned __int64 id, bool * found) 行 1686
mysqld.exe!buf_page_get_gen(const page_id_t & page_id, const page_size_t & page_size, unsigned __int64 rw_latch, buf_block_t * guess, unsigned __int64 mode, const char * file, unsigned __int64 line, mtr_t * mtr, bool dirty_with_no_latch) 行 4076
mysqld.exe!btr_cur_open_at_index_side_func(bool from_left, dict_index_t * index, unsigned __int64 latch_mode, btr_cur_t * cursor, unsigned __int64 level, const char * file, unsigned __int64 line, mtr_t * mtr) 行 2255
mysqld.exe!btr_pcur_open_at_index_side(bool from_left, dict_index_t * index, unsigned __int64 latch_mode, btr_pcur_t * pcur, bool init_pcur, unsigned __int64 level, mtr_t * mtr) 行 564
mysqld.exe!row_search_get_max_rec(dict_index_t * index, mtr_t * mtr) 行 6344
mysqld.exe!row_search_max_autoinc(dict_index_t * index, const char * col_name, unsigned __int64 * value) 行 6383
mysqld.exe!ha_innobase::innobase_initialize_autoinc() 行 5694
mysqld.exe!ha_innobase::open(const char * name, int mode, unsigned int test_if_locked) 行 6097
mysqld.exe!handler::ha_open(TABLE * table_arg, const char * name, int mode, int test_if_locked) 行 2680
mysqld.exe!open_table_from_share(THD * thd, TABLE_SHARE * share, const char * alias, unsigned int db_stat, unsigned int prgflag, unsigned int ha_open_flags, TABLE * outparam, bool is_create_table) 行 3319
mysqld.exe!open_table(THD * thd, TABLE_LIST * table_list, Open_table_context * ot_ctx) 行 3521
mysqld.exe!open_and_process_table(THD * thd, LEX * lex, TABLE_LIST * tables, unsigned int * counter, unsigned int flags, Prelocking_strategy * prelocking_strategy, bool has_prelocking_list, Open_table_context * ot_ctx) 行 5107
mysqld.exe!open_tables(THD * thd, TABLE_LIST * * start, unsigned int * counter, unsigned int flags, Prelocking_strategy * prelocking_strategy) 行 5718
mysqld.exe!open_tables_for_query(THD * thd, TABLE_LIST * tables, unsigned int flags) 行 6485
mysqld.exe!execute_sqlcom_select(THD * thd, TABLE_LIST * all_tables) 行 5080
mysqld.exe!mysql_execute_command(THD * thd, bool first_level) 行 2758
mysqld.exe!mysql_parse(THD * thd, Parser_state * parser_state) 行 5519
mysqld.exe!dispatch_command(THD * thd, const COM_DATA * com_data, enum_server_command command) 行 1432
mysqld.exe!do_command(THD * thd) 行 997
mysqld.exe!handle_connection(void * arg) 行 301
mysqld.exe!pfs_spawn_thread(void * arg) 行 2190
mysqld.exe!win_thread_start(void * p) 行 37
[外部代码]
其中几个函数对应的源代码文件位置如下：
buf_page_get_gen(storage/innobase/buf/buf0buf.cc)
buf_read_page(storage/innobase/buf/buf0rea.cc)
buf_read_page_low(storage/innobase/buf/buf0rea.cc)
buf_page_io_complete(storage/innobase/buf/buf0buf.cc)
ibuf_merge_or_delete_for_page(storage/innobase/buf/ibuf0ibuf.cc)
ibuf_bitmap_get_map_page_func(storage/innobase/buf/ibuf0ibuf.cc)
fil_io(storage/innobase/fil/fil0fil.cc)
fil_space_get_by_id(storage/innobase/fil/fil0fil.cc) — 这是通过space_id查找对应ibd文件的函数
fil_node_prepare_for_io(storage/innobase/fil/fil0fil.cc)
fil_node_open_file(storage/innobase/fil/fil0fil.cc)
os_file_read(storage/innobase/os/os0file.cc)
参考链接：
http://blog.codinglabs.org/articles/theory-of-mysql-index.html